Hos hovedparten af patienterne vil alle undersøgelser være normale. Nogle patienter med normal gastroskopi vil som primære symptomer have halsbrand og/eller sure opstød, der kan behandles som non-erosiv refluks. Patienter med negativ Helicobacter pylori-test og ingen brug af ASA/NSAID har med stor sandsynlighed funktionel dyspepsi.

Mere end halvdelen af patienterne har efter gastroskopi fortsat dyspepsisymptomer af ukendt årsag og har per definition funktionel dyspepsi.

Når diagnosen funktionel dyspepsi er stillet, bør det understreges for patienten, at denne tilstand, trods symptomer, ikke øger risikoen for alvorlig lidelse eller påvirker overlevelsen negativt ^41,42.
 

Ved farmakologisk behandling af funktionel dyspepsi vil mange opleve bedring af symptomer udelukkende på grund af placeboeffekten ³⁹.

Der er en signifikant, men lille effekt ved at gennemføre eradikationsbehandling hos den andel af Helicobacter-positive patienter, der har funktionel dyspepsi (NNT på 12,5). Effekten af syrepumpehæmmere alene er beskeden for patienter med funktionel dyspepsi, og der er primært effekt hos patienter med samtidige reflukssymptomer (NNT på 10). Der er ingen forskel på høj- eller lavdosis PPI ^23,40.

Behandling med lavdosis TCA, f.eks. Imipramin 10-25 mg, viser ligeledes effekt hos patienter med funktionel dyspepsi (NNT på 6) ²³, specielt hvis hovedsymptomet er smerter ⁴⁶, men på grund af risikoen for bivirkninger (NNH 7-21) er deres anvendelse dog begrænset ^23,41. Hverken SSRI eller SNRI har vist effekt i forhold til reduktion af symptomer ^23,41.
 

En del små studier har antydet en vis effekt ved behandling med non-farmakologiske tiltag, men generelt har det været sværere at vise effekt, når studierne samles i større analyser.

Hverken manuel akupunktur eller elektroakupunktur blev fundet mere effektive eller mere sikre end andre behandlingsformer ⁴⁷. Studiernes kvalitet og forskellighed gør det dog usikkert, om resultaterne har klinisk betydning, og det er ikke muligt at komme med egentlige anbefalinger. 
 

Kun få studier har undersøgt forskellige psykologiske terapiformer i forhold til bedring af symptomer hos personer med funktionel dyspepsi. Generelt har disse studier vist god effekt, når de blev sammenlignet med ingen behandling ^23,48, med kognitiv terapi som den mest effektive terapiform (NNT på 3) ²³. Et enkelt studie har vist, at psykoterapi i kombination med antisekretorisk medicin er bedre end medicin alene ⁴⁹.

På grund af forskellighed i studiedesign og studiernes kvalitet må konklusionerne vedrørende psykoterapi alligevel tages med et vist forbehold på trods af den umiddelbart gode effekt. Behandlingen bør primært rettes mod personer med funktionel dyspepsi, der er specielt motiverede, evt. har andre psykologiske problemer, og hvor anden behandling har været forsøgt ²³.